両方、立ち上げてみましたが結局Shopifyはサイト構築時点で断念して解約しました。
理由はやはり、Shopifyは日本人にはサイト構築自体が分かりにくく感じました。
その点、おちゃのこネットはバナー等、他店で使ったものを使いまわしが楽にできた。
それから、気になるのはPayPal決済が色々な制約が少なく利用しやすいがユーザーにとってはクレジット決済をしたいのにPayPalの会員登録をしなければならないという、それほど日本での知名度が高くないPayPalにユーザー登録するメリットがあまりないと感じやすい支払い方法での選択を敬遠する傾向はあると思います。
ですが、おちゃのこネットではPayPal決済を選択しても普通にクレジット決済ができるフォーマットが使えるという利点があります。多分PayPalとパートナー契約をしているからだと思います。